Қазақстан Республикасы Арнайы операциялар күштерінің қолбасшылығы Мемлекет басшысының армияның жауынгерлік қабілетін түбегейлі арттыру және Қарулы күштердің жұмысын қайта құру жөніндегі тапсырмасын іске асыру шеңберінде құрылды.
Арнайы операциялар күштері елдің қорғаныс қабілетін, әскери қауіпсіздігін қамтамасыз ету шеңберінде, оның ішінде терроризмге қарсы операцияларға қатысу және заңсыз қарулы құралымдарға қарсы арнайы міндеттерді шешуге арналған құрылым.