2019 жылы ашылған музей қорында 10 мыңнан астам бірегей жәдігер бар. Экспозицияның негізгі бөлігі ұлы қолбасшы әрі жиһангер Шыңғыс хан тұлғасына арналған. Бұдан бөлек көрмеде Ғұн дәуірінен бастап XX ғасырға дейінгі Моңғол мемлекетінің қалыптасу кезеңдерін толық қамтитын артефактілер қойылған.
Музейдің тағы бір маңызды міндеті – Еуразия халықтарының көшпелі өркениеті мен мәдени мұрасын зерттеу және оны жан-жақты дәріптеу.
Мемлекет басшысы музейді аралап көріп, Құрметті қонақтар кітабына: «Шыңғыс хан ұлттық музейі – ұлы тұлғаның және тұтас мемлекеттің шежіресі. Руханият ордасы ел игілігіне қызмет ете берсін. Моңғолия халқының мерейі үстем болсын!» деп жылы лебізін қалдырды.
